湄洲湾职业技术学院电子工程系（原自动化工程系）是学院首批建设的重点院系，培养从事智能制造与技术研究的专门人才，形成了以国家级骨干专业、省级示范专业——电气自动化技术专业为龙头，电子信息工程技术专业、工业机器人技术专业、智能医疗装备技术专业为支撑的省级智能制造自动化专业群。
系部师资力量雄厚，现有专任教师26人，其中教授1人，研究员1人，副教授5人。实训设施配套齐全，拥有实验设备价值近1500万元的“中央财政支持的电工电子与自动化实训基地”，具有先进的电工电子、电力系统自动化、工业自动化控制、网页设计和网络管理、工业机器人技术、智能医疗装备技术等30多个实验实训室。
近年来，系部大力推行“校企合作、产教融合”创新型人才培养模式，与中国电建集团福建分公司、福建佳通轮胎有限公司、鞍钢冷轧钢板（莆田）有限公司、中国移动莆田分公司、健康力（北京）医疗科技有限公司、大疆无人机有限公司、福州洛博特自动化设备有限公司等多家大型企业建立13个校外实训基地，为学生校外实训提供有力的保障，近3年毕业生就业率达到100%。
教学质量成果显著，近几年我系学生参加全国、全省大学生电子设计竞赛荣获全国二等奖3项、全省一等奖4项；参加全省职业技能竞赛荣获省一等奖1项，二等奖4项。
校园文化活动五彩缤纷，新老生篮球赛、辩论赛、社会实践、迎新文艺晚会、“校园十佳歌手”大赛等，带你徜徉五光十色的文化艺术海洋，为每一个学子创造属于自己的梦想舞台。系部承办的校园文化艺术节电子竞技比赛深受广大师生的喜爱，各系的电竞大神踊跃参加，欢聚一堂，在王者的世界里，争夺冠军。
今天自动化行业迎来了无人系统与智能科技相结合的新机遇，
人们都在期待智能机器人能走入我们的生活，智能制造能提高生产的效率，智慧医疗能改善我们的健康；展望未来，自动化将以智能系统技术体系的研究为核心，广泛服务于国家战略核心领域。相信我们自动化人的未来将无限广阔而美好。